Fundada en 1738 por decreto de la Emperatriz Ana I de Rusia, la Escuela del Ballet Imperial se convirtió en la institución educativa para el entrenamiento del ballet.
La Academia de Ballet Vaganova durante sus 275 años de existencia ha graduado una galaxia de bailarines y coreógrafos de renombre como Ana Pavlova, Vaslav Nijinsky, George Balanchine, Rudolf Nureyev, Mikhail Baryshnikov, Natalia Makarova, Oleg Vinogradov, Yuri Grigorovich, Farukh Ruzimatov, Altynay Asylmuratova, Konstantin Zaklinsky, Uliana Lopatkina, Diana Vishneva y Svetlana Zakharova, sólo por mencionar algunos. En 1957, seis años después de la muerte de Vaganova, la academia recibió su nombre.